上海也是北洋军的进攻的重点地区。
陈其美在上海计划讨袁时，恰逢蒋中正和张群由日本返沪，陈大喜，即与二人会商军事。张群主张先攻海军，蒋则以兵工厂为军队命脉，应先夺取兵工厂。陈其美赞成蒋计划，遂积极部署。
蒋曾在辛亥年光复上海时组织军队，旧部甚多。后因赴国外考察，乃将一手训练之部队交张群统领，张其后又赴英国考察工业，乃移交陈其美。
这时陈其美所率士兵即蒋中正当年训练者，今见蒋、张两位旧主归来，欣喜若狂，均愿接受指挥。于是蒋乃号召旧部，拥陈其美为上海讨袁军总司令。
袁世凯派海军中将郑汝成统率警卫军一千三百人驻守高昌庙兵工厂，又派海军司令李鼎新率黄浦江军舰协同保护。
陈其美宣布独立，屡劝郑汝成让出高昌庙兵工厂，郑不答应。陈乃命蒋率所部及钮永建之一团分道进攻，相持数日。讨袁军因子弹接济不及，遂告败北。其后回兵进攻吴淞，也因众寡不敌，未能获胜。
二次革命爆发后，袁大举向南方用兵，并发出两道通令（民国2年7月），第一道是致各省宣布意旨电
“余以衰病余生，伏处已久，稍有田园之乐，自问已无事可为。此次出山，实缘事机危迫，不忍见人民陷于牛马奴隶之域，故冒万险，膺兹艰巨。
“受事以来，始终以尊重人道主义，及适合世界大势为主旨，苟可和平维持，决不轻事破裂，并非兵力有所不足，实缘民困已极，不堪再受战祸，一年以来弥缝迁就之苦衷，当为国民所共谅。
“现在财政、外交触处荆棘，国家运命旦夕可危，凡有血气之伦，自应以同舟共济之心，为披发缨冠之计，决不肯再言破坏，自取覆亡，乃若有之，则亦二三不逞之徒，生性好乱，必不能得多数国民之同情，本大总统若再曲予优容，便与此辈同为亡国祸首，非惟辜负众望，实亦矛盾初衷，惟有牺牲一身，保全大局，竭我棉力，殄此么魔。诸君各膺疆寄，必有同心，愿共勉之。”
第二道是为了“赣乱”的通令
“共和民国，以人民为主体，而人民代表，以国会为机关，政治不善，国会有监督之责，政府不良，国会有弹劾之例。
“大总统由国会选举，与君主时代子孙帝王万世之业，迥不相同。今国会早开，人民代表，咸集都下，宪法未定，约法尚存，非经国会，无自发生监督之权，更无擅自立法之理，岂少数人所能自由起灭，又岂能以少数人权利之争，掩尽天下人民代表之耳目。
“此次派兵赴浔，迭经本大总统及副总统一再宣布，本末了然，何得信口雌黄，借为煽乱营私之具。
“今阅欧陽武通电，竟指为袁军，全无国家观念，纯乎部落思想。又称蹂躏婬戮，庐墓为墟等情，九江为中外杂居之地，万目睽睽，视察之使，络绎于途，何至无所闻见。陈廷训之告急，黎兼督之派兵，各行其职，堂堂正正，何谓陰谋？孤军救援，何谓三道进兵。
“即欧陽武蒸日通电，亦云‘李烈钧到湖口，武开两团往攻’等语，安有叛徒进踞要塞，而中央政府该管都督撤兵藉寇之理？岂陈廷训、刘世均近在九江之电不足为凭，而独以欧陽武远在南昌之电为足信？岂赣省三千万之生命财产，独非中华民国之人民？
“李纯所率之两团，独非江西兼督之防军？欧陽武以护军使不足，而自为都督，并称经省会公举。约法具在，无此明条，似此谬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，谁其信之！且与本大总统除乱安民之宗旨，与迭次之命令，全不相符，捏词诬蔑，称兵犯顺，视政府如仇敌，视国会若土苴，推翻共和，破坏民国，全国公敌，万世罪人。