袁世凯对国民党既然还有些投鼠忌器，对于北京的国民党员就比较客气一点。而身在北方虎穴中的国民党员，也要比较有妥协性一些。这是没有办法的事，所谓人在房檐下，不能不低头。
袁授意北京总检察厅票传国民党北京支部部长吴景濂到案。质问黄兴是不是国民党的领袖，如果黄的“逆叛”行为与国民党有关，那么国民党就该负起“谋叛”的责任。如果黄的行为与国民党无关，国民党就该立刻开除黄兴党籍以明责任，限吴景濂三天内答复。
吴景濂拿这个难题无法解决，很想召开一次北京支部大会来研究处理，可是时间太仓促，会议召开不及。三天限期转眼即到，吴景濂没有办法，只好想出一个应对之策。
他以个人名义在北京报纸上刊登一段启事“黄兴除名一案，非经大会不能决定，但限期甚迫，不及召集大会，因即遵令除名。”
袁世凯和北洋系骂黄兴是捣乱领袖，其实黄是很冤枉的。
其在宋案后一直是主张委曲求全的。对宋案本身言，黄主张纯以法律解决，求是非，理。
对于袁政府的态度，黄鉴于各国尚未承认民国，蒙藏风云紧急，所以反对用武力对付袁。
他的主张受到多数人支持，因此在袁下令免三省都督前，国民党对于解决纠纷的宗旨是“宋案责成法院，借款责成议会。”并拟推岑春煊、王芝祥、章士钊、汪兆铭等为调和专使前往北京。
袁免赣、皖、粤三省都督后，国民党方面仍希望不致决裂。所以六月十日李烈钧有电报告袁政府“遵令免官”，并且通电将已经调动的部队撤回原驻地点。
六月十六日胡汉民有电“请授赴藏方略”，并且解释“宋案借款之争，仅系建言作用，不敢出法律范围”。而柏文蔚早在调任令发表之前就表示要辞职。这一切并非国民党施缓兵之计，实在因为国民党的多数派还不打算对袁进行武装抗争。
在这纷扰的期间，又传出了一个谣言，据说是日本在幕后策动的。就是要在南京另外组织一个政府，推举岑春煊为总统。
民国二年七月二十八日熊希龄的通电，曾经揭破这个密谋“报载四省独立，有在宁设立政府，推举岑西林为总统之谣。前南北议和时，犬养毅等于前年冬来华，运动南北分立，渠与希龄本属旧交，屡至沪寓密告希龄，谓袁如得志，中国可危，不如劝孙、黄公推岑为总统与袁对抗，并要求希龄介绍往见。希龄与张謇、汤寿潜、庄思缄、赵凤昌诸君与犬养毅接谈数次，竭力反对。幸黄兴当时力主和议，岑亦病辞不见，犬乃回国。去年春间再到上海，乃不与希龄接洽矣。此日本民党利用我南北分立之实在情形也。”
岑春煊在南京组府之说，使袁世凯有了紧迫感。岑、袁两人在清廷同朝为官时就有大隙。宣统年间盛宣怀红极一时，挟隆裕和载涛、载洵以自重。辛亥起义后，盛主张用岑，奕劻则主张起用袁，其后袁因缘时会，水到渠成。
岑在上海，据说孙、黄都去拜望他。他告诉访客说“别人都怕袁世凯，我是不怕他的，倒要和他较量一下。我本无意大总统，今既有现成的，就不妨试试看。”
为了震慑和控制国民党拥兵自重江西和南京，北洋军分两路南下第一军军长段芝贵统率第二师师长王占元、第六师师长李纯两部担任湖北、江西之线。第二路军包括冯国璋、张勋、雷震春等部（因第二路军不止是一个军，所以称为第二路军），由冯国璋统率，沿津浦路南下试图控制南京。
这都是北洋军的嫡系。段芝贵和冯国璋都是袁的心腹大将，袁心目中的两个重要棋子。袁心中内定段芝贵是湖北都督，冯国璋是江苏都督。
肯定地说，北洋军此刻的进兵，只能加剧紧张局势，也是导致“二次革命”爆发的一个重要因素。虽然，南北已经名义上统一，袁政府是全国的合法政府，军队可以派到国家的任何地方，所谓，出师有名。