在谈到蔡元培与蒋介石集团的关系时，有人把1928年8月17日蔡元培辞职一事，描述为关键性“转折”：说蔡元培从此出都门而定居沪上，极少来南京，进而与最高当局决裂，成为“反蒋派”代表人物云云。
其实，实际情况要复杂的多。
就在蔡元培宣布辞职的同一天，由他提名为清华大学校长的罗家伦获得国民政府的正式任命。这应该不是巧合。
关于蔡的辞职，上海各报纷纷揣测原因，《时事新报》称：“据知其底细者言，蔡氏辞职实有二因：一系职务纷繁，劳苦太甚；一系趁五次会后，政府改组将有变更，可以及时引退。至有谓蔡因反对大学区制而辞职者，并非事实。”
此一报道，显然意在平息和淡化外间对此事的关注。
约半个月后，蒋介石在上海西摩路宋宅宴请留沪各中央委员，蔡元培与胡汉民、戴季陶、李石曾、李宗仁、宋子文等八人出席。席间议及中.央政.治.会.议改组、五院院长人选等事项。就是在此前后，蔡元培被内定为五院之一的监察院院长。
9月11日，蔡元培致函胡汉民、蒋介石、谭延闓，申明：“监察院院长决不担任，大学院院长决不复职”，同时又郑重表示：“此后愿以中央监察委员资格尽力于党务，以政.治.会.议委员之资格尽力于政务弟曾辞政.治.会.议委员，然近经谭先生及孔庸之先生转示会中同人意见，弟遵，当取消辞意，以中央研究院院长之资格尽力于教育学术。余生几何，能力有限！果能如此尽力，自问以告无罪。若再苛求，必多贻误。自知甚明，决难迁就。沥诚奉恳，务请玉成。”
关于大学院院长，是南京国民政府那个时期的教育行政首长。1927年7月南京国民政府公布《中华民国大学院组织法》，规定中国民国大学院为全国最高学术教育机关，承国民政府之命管理全国学术及教育行政事宜，不隶属于国民政府；设大学院院长一人，综理全院事务，兼任大学院大学委员会委员长，并为国民政府委员。
首任大学院院长即是蔡元培。
对于蔡元培请辞大学院长，国民党高层曾指派宋子文、孔祥熙等“躬亲赴沪，恳切挽留”。蔡仍坚辞，并“荐贤自代”，起初传闻蔡推荐的人选是易培基属李石曾的中法系，而后来接替蔡氏职务的则是蒋梦麟。至于监察院长一职，蔡推却不过，只得应允暂居名义，具体院务由副院长陈果夫署理，此种状况延续近一年之久方告结束。
9月下旬，蔡元培与李石曾等同车由沪到宁，同寓张静江宅邸，蔡曾往“总司令部看蒋先生，其时胡展堂等亦在座”。其后，蔡元培由宁返沪，以私人资格力劝同样提出“辞去本兼各职”的于佑任“勿即辞职”。此后，蔡元培来往于沪宁之间，从事政务，其行踪载于当时“京沪各报报端”。
1929年间，蔡元培的国务活动也颇为频繁，他与蒋介石等高层人士的相互往来也时有所见。大体说来，至1930年以后，蔡到南京的次数才逐渐减少。其实，上海一直是除南京之外的一个极重要的政治舞台，一些“党国大老”聚居于此，国民党及国民政府的一些幕后活动常常在此酝酿生成，蔡元培作为国民党政治集团中的资深要员参与其间，其在宁在沪，好像很难成为判断其政治姿态的标识。
在蔡元培的“从政高峰”期间，他的一个重要使命，便是平息学.潮、弥合党内派系纷争。由于他在政界、学界的崇高威望，几乎总是充当“救火者”或“和事佬”的角色。
北京大学师生为反对北平大学区发生风潮，蔡责无旁贷地出面平息，并一度兼任北大校长，使北大安然渡过“多事之秋”。
交通大学出现校长危机，蔡亦暂时兼领，以求平稳过渡。
国民政府的“首都大学”中央大学连续发生学.潮，拒绝和殴伤校长，政府强令解散该大学。其后成立“中央大学整理委员会”，蔡再次救急，出任该委员会的委员长，亲到南京，与学校师生代表沟通。
而对于国民党内层出不穷的派系之争，蔡以元老身份尽力排解，力求化干戈为玉帛，维系政治统一，此种努力在“九一八”事变后国难深重关头，尤具特别意义。