1912年10月，蔡元培主政的教育部颁布《大学令》。
《大学令》是民国初期关于大学教育的第一个通令，共22条。
规定大学以“教授高深学术、养成硕学闳材、应国家需要为宗旨。分文、理、法、商、医、农、工七科；以文理二科为主，须文理二科并设，或文科兼法商二科，或理科兼医农工科者，方得称大学”。
大学内设预科3年，收“中学毕业生及经试验有同等学力者”；设本科3年～4年，“收预科毕业生或经试验有同等学力者”，毕业后称学士；设大学院，不设年限，收各科毕业生或经试验有同等学力者。
全校设校长1人，总辖全部事务，各科设学长1人，主持一科事务；教员设教授、助教授，必要时得延聘讲师。
全校设评议会，以各科学长及教授若干为会员，校长自为议长，负责审议各学科设置及废止、讲座种类、校内规则、大学院生成绩、授学位等事项；各科设教授会，以教授为会员，学长为议长，负责审议学科课程、学生试验、该科大学院生成绩、请授学位者合格与否等事项。私人或私法人亦可设大学。该令于1917年9月修正，主要内容有：设二科以上者都可称大学，单设一科者亦可称单科大学；本科修业年限4年，预科2年；教员设正教授、教授、助教授，必要时得延聘讲师。
这体现了蔡元培民主办学的思想。
日本政府在1918年曾颁布实施《大学令》，蔡元培主持制定的《大学令》显然是学习日本。
《大学令》准许社会上的民间人士设办私立大学。同年11月又公布《公立私立专门学校规程》，规定国家对于公立、私立专门学校一视同仁，不同点在于，私立专门学校的开办在呈报教育总长认可时，“须开具代表人之履历”，而“代表人对于该校应负完全责任”。
《大学令》一出台，1912年至1927年间，中国大地上出现了兴办私立大学的热潮，涌现出一大批著名教育家和学校。例如严范孙、张伯苓创办的南开大学，陈嘉庚斥资创办的厦门大学，张謇创办的南通大学，以及大同大学、大夏大学、光华大学、中法大学、广州大学、广东国民大学、上海美术专科学校、东亚体育专科学校等，这些学校后来成为中国诸多著名高校的前身。
教育部还出台了“整理教育方案草案”，提出“教育自治”的基本原则。其第一条规定，要“变通从前官治的教育，注重自治的教育”，“教育本为地方人民应尽之天职，国家不过督率或助长之地位。……今后方针注重自治的教育者，国家根本在于人民，唤起人民的责任心，而后学能有起色也”。
蔡元培任教育总长的时间虽然很短暂，但为国家的教育事业做出的贡献是巨大的。谈到民初的教育，有人用空前绝后来形容。空前是肯定的，绝后就未必了，即便是现在不行，也肯定会被未来所超越。但有一点可以肯定，民国初年的教育搞得确实很不错，这其中蔡元培的作用是公认的。
后袁世凯时代的军阀混战，给国家和民众带来了深重的灾难。但是，很值得玩味的是，在战火的蹂躏下，教育这一块似乎成了世外桃源，简直成为荒漠中的一片绿洲。除了个别时候，经费得不到保障外，教育几乎没遇到什么磨难。
为什么会这样，或许我们从那些动不动就兴兵作乱，但对教育却格外热心的一些军阀大佬们的故事里，能唔出一些道理。
1921年，曹锟在保定办了一所综合性大学——河北大学，自任董事长。河北大学设文学科、法学科、农学科、医学科，其中文学科又设中国文学系和英文系；学校教师实行聘任制。由于曹锟本人亲自出马办学，这所大学的师资力量在当时非常强。
曹锟常对手下说，自己“就是一个推车卖布的老粗，什么都不懂，办大学就得靠教授”。据说曹锟每逢到了学校，对教授们毕恭毕敬、以师礼待之。他发给教授的工资也超过手下的师长、旅长们。河北大学的教授工资，比当时北京的一些大学稍低，但对于物价比北京低得多的保定，一个月二三百大洋的工资，已属天价。曹锟的副官们每月也只能拿到这个数字的零头。
就是这样，曹锟还感到有些对不住人家，有一次，他看见教授正在用显微镜做试验，内疚地说：“你们这样用脑子，每月那点钱，还抵不上你们的血汗呢。”