朱骏声的《说文通讯定声》、章学诚的《文史通义》等著述中，满满地真知灼见，但直到清末才引起人们的重视。对此，蔡元培很为这二人和他们的著作不平。
他“深服膺章实斋氏言公之仪，尤其赞同章氏先有繁博长编，后有园神的正史，以及史记中人名地名须详列检目，以备查考等具体主张，奉之为治史的典范”。
如果说朱骏声、章学诚的著述对蔡元培的影响，还仅限于文字和史学等学术范围，而俞正燮的两部书则蔓延到了社会思想方面。
俞正燮（1775年10月1日～1840年5月13日），清代学者。字理初，安徽省黄山市黟县人
俞正燮虽出生于书香之家，但自幼家境贫寒，其父俞献“工骈体隶事，尤熟掌故”，曾先后主讲河南闻政书院，任江苏句容训导，以及安徽庐江教谕等职,薪俸并不丰厚,膝下孩子却有很多,又不幸于嘉庆六年(1801)十一月离世，时年仅五十三。俞正燮身为长子,自二十七岁起就担负起抚养母亲妻小和五个弟弟的重担。从此，他为了一家人的生计活路而四处奔波忙碌。
迫于生活压力，只得背着行李书袋，走遍大半个中国。以替人编书校书，以及授徒讲学所得酬劳养家糊口，勉强度日，他的学问是在极其艰难环境下做出来的。
俞正燮一生勤于著述，硕果累累，不过因他是一介寒儒，诸多文稿却无力自行结集出版。只是到他五十九岁时，由其房师王藻商诸及门孔继勋、邱景湘、吴林光，醵金付雕而成，“厘其校正者十五卷为正集，余为外集，以俟续梓。题为《癸巳类稿》，明是编之辑成于癸巳也”。而另一部《癸巳存稿》十五卷，则是“及《类稿》既竣，卖其书稍有余货，乃觅钞胥，为写未刻之稿”，且在俞正燮逝后七年，由其友人张穆等捐资刻印成书。这两部书，真可谓是俞正燮一生心力交瘁之作。
独特的生活阅历和他求实的治学态度，使他能够以独特的视角，正视社会现实，对许多社会问题都有独到的见解和领悟，在清代乾嘉以来的学者中，可谓独树一帜。他的著作涉猎广泛，经史诸子自不必说，天文、医药、方言、释典、道藏，乃至边疆问题，鸦片缘起，社会习俗，无不在他的精研详考之列。最可贵的是他常常于考述之余，直抒胸臆，陈古刺今，即所谓的“穷理尽性”，尤其对于男女不平等的社会现实多所针砭。
俞正燮的书，让勤于思考，求知欲正强的蔡元培大受启发。他在晚年称：自十余岁就接触俞氏著作，“深好之，历50年好之如故”，其原因是他“认识人权，认识时代”。俞氏书中“对于不近人情的记述，常用幽默的语调反对他们，觉得有趣得很”。
毫无疑问，俞正燮的书对于蔡元培后来挣脱传统理学的束缚，是十分重要的启蒙。
1885年，19岁的蔡元培第一次赴省城参加乡试。乘坐乌篷船，船行一夜就到了杭州。这是他第一次离开家乡，外边的世界让他处处感觉新鲜，风光秀美的西子湖更让他流连忘返。
考场紧张而深严。“相继六天入居场屋”，须作“四书文三篇，五言八韵诗一首，五经文五篇，对策问五道”。三场考试结束，刚好是中秋月夜。
蔡元培此次参加科考，纯属是尝试和体验，不中本意料之中事。但这次科考失利，还是促使他做出了一些改变。第二年，他就不再担任塾师，经由同乡先辈田宝祺介绍，到绍兴望族徐树兰府上，充当其侄徐维则的伴读。
田宝祺，字春农，山阴（今浙江绍兴）人。光绪十四年（一八八八）举人。能写意花卉，善古文，工诗。蔡元培的六叔在他家任塾师多年。田氏极赏识蔡元培的才华，所以将他推荐给徐树兰。蔡元培也将田宝祺视为“生平第一知己”。
徐树兰（1838～1902），字仲凡，号检庵，清代山阴（今浙江绍兴）人。光绪二年（1876）举人，授兵部郎中，以输资为候选知府，被用为道花翎盐运使，此时，他因母病告归。
这是个对蔡元培十分重要的人。光绪二十二年，与罗振玉等在上海创办农学会及《农学报》，并与胞弟徐友兰等于光绪二十四年在上海黄浦之滨置地百亩，采购各国农作物良种，开辟种植试验场。热心于文化公益事业。
光绪二十三年（1897）创办中西学堂，聘请中西教习，聘蔡元培管理学务，开译学、算学、化学等课，培养人才较多。又组织修筑海堤，建西湖闸，设义仓，立救疫局等。一生中最突出的贡献，是捐资创办绍郡中西学堂和古越藏书楼。