1892年春，蔡元培再次赴京补应复试、殿试。复试后被列为第三等（补试不能列入一、二等）。
接着参加在保和殿举行的殿试。
殿试只考策论，蔡元培充分发挥了博览群书和博学强记的优势，对其中有关西藏的策论题，详述其山川道里、行政沿革，且广证博引，对答自如。
本年会主考官为户部尚书翁同龢，殿试阅卷大臣为工部左侍郎汪鸣銮。
结果，蔡元培考取第二甲第34名进士。
本科的状元、榜眼、探花分别是刘福姚、吴士鉴、陈伯陶。同科考中者还有：唐文治、叶德辉、汤寿潜、张元济、屠寄和沈宝琛等。
我们能够看到，这其中的张元济，是对蔡元培后来的人生，极为重要之人。
对于殿试，蔡元培回忆说：“上来，殿试是专讲格式不中内容的，只听说张香涛氏(张之洞）应殿试时不拘格式，被取一甲第三名。我那时也没有拘格式，而且这两年中也没有习字。仍是随便一写，但结果被取为二甲进士。闻为汪柳门（汪鸣銮）先生所赏识。有位阅卷大臣，说此卷的字不是馆阁体。汪说，他是学黄山谷的，于是大家都在卷子后面圈了个圈，就放在二甲了。”
如果是专为了练字而故意拖后两年，两年里为什么不练参加科举需用的馆阁体呢？这和前边说过的后一种说法不是很矛盾吗？
黄山谷就是被称为宋“四大家”之一的黄庭坚，他自号山谷道人，书法在当时是很受推崇的。
此后又通过朝考，蔡元培被点为翰林院庶吉士。
庶吉士，亦称庶常。其名称源自《书经?立政》篇中“庶常吉士”之意。是中国明、清两朝时翰林院内的短期职位。由科举考试中进士的人当中，选择有潜质者担任。为皇帝近臣，负责起草诏书，有为皇帝讲解经籍等责，为内阁辅臣的重要来源之一。
清雍正以后，选官更为严格，庶吉士由皇帝主持之朝考决定。
该职一般为期三年，期间由翰林内经验丰富者为教习，授以各种知识。
三年后，在下次会试前进行考核，称“散馆”。成绩优异者留任翰林，授予翰林院检讨，正式成为翰林，称“留馆”。
其他则被派往六部任主事、御史；亦有派到各地方任官。
和所有新科进士一样，蔡元培要留在京城盘恒一段时间，期间一个重要的活动就是拜会各方人士。