段祺瑞及内阁分别呈请要求惩办曹吴，为这命令与前令大相径庭，徐世昌不肯签署。段派便以重兵围总统府，强迫徐世昌下令。边防军方面则传出消息，如八日午夜免曹吴令不下，则琉璃河方面当于九日上午首先开火。
徐世昌在被威迫下，不得已将内阁送呈惩办曹吴之令盖印发出。
惩办曹吴令如下：“前以驻湘直军，疲师久戍，屡次吁请换防，当经电饬撤回直省，以示体恤。乃该军行抵豫境，逗留多日，并自行散驻各处，实属异常荒谬。吴佩孚统辖军队，具有责成，似此措置乖方，殊难辞咎，着即开去第三师师长署职，并褫夺陆军中将原官，暨所得勋位勋章，交陆军部依法惩办。其第三师原系中央直辖军队，应由部接收，切实整顿。
“曹锟督率无方，应褫职留任，以观后效。军人以服从为天职，中央所以指挥将帅者，即将帅所以控制戎行。近年纲纪不张，各军事长官，往往遇事辄托便宜，以致军习日漓，纪律因之颓驰。嗣后各路军队，务当恪遵中央命令，切实奉行，不得再有违玩，着陆军部通令遵照。此令。”
九日，边防军第三师开赴廊房，边防军第一师与陆军第九师、第十三师、第十五师开向长辛店、卢沟桥、高碑店一带。
十日，段祺瑞在团河成立定总司令部，自任总司令，派徐树铮为总参谋，段芝贵为第一路司令，曲同丰为第二路司令兼前敌司令，魏宗翰为第三路司令，傅良佐为总参议。