吴佩孚对此无意见。
六月十五日，黎政府的第一次国务会议开会，黎以旁听资格列席。
在会中建议批准陈光远辞职，派蔡成勋节制江西各军，嗣后督军如果辞职或出缺，一概不许简派。
黎的建议获得通过，当天就发布了准陈光远辞职和派蔡成勋节制江西各军的命令。
十七日又补下了废除江西督军的命令。
第二个实行废督的，是浙江。
浙江的卢永祥，对北京是半独立状态，六月十五日，他邀集浙江省议会及各团体举行联席会议，宣布废除督军。但又声明，本人并不服从北京政府，废督后仍以第十师师长名义维持全省治安。
接下来浙军第二师师长张载扬发言，认为师长与师长之间必须有一个联系机构，希望大家作一个决定。
于是卢永祥宣称请各团体在两天内商定善后办法，本人一定服从。
第二天浙江各团体通过了“浙江军务善后办法大纲”，这个大纲规定设立善后督办一人，仍推卢永祥担任。
同一天浙军第二师师长张载扬，北洋军第四师师长陈乐山，浙军第一师师长潘国纲联名推举卢永祥为浙江军务善后督办，浙江各团体通电赞成。
二十日卢宣布接受新职，并公布“善后纲要”七条。
这一废督措施并不是拥护黎元洪，却是对北京政府的变相独立，因为善后纲要的要点为：“自废督后，浙江境内不受任何方面干犯，以防督军制之恢复，并变相督军制之发生。如其假借名义侵入本省，当本诸民意，力图抵抗。自废督之日起，在合法政府成立前，浙江一切维持原状。”
这无疑是变相的独立，如果北京政府敢于变更浙江现状，浙江就要武力对抗。
这一措施引起了直系极大的忿怒，准备向浙江和上海用兵，以铲除皖系的残余势力。曹锟、吴佩孚电请北京政府裁撤淞沪护军使，改设上海镇守使，归江苏督军节制。
新任海军总司令杜锡珪准备装载苏军六千人在上海登陆，何丰林在上海颁布了戒严命令，战事一触即发。
黎元洪坚决不同意用兵，曹、吴也不敢太肆意妄为，随后授意齐燮元和杜锡珪向卢永祥、何丰林解释误会，江浙之间的大战才告避免。