段祺瑞罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需要总统盖印，冯却予拒绝，他委婉地说他不愿看到事态扩大。
但是，他又不敢坚持己见。见段祺瑞反应强烈，于十月二十日还是下令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。
十月三十日，段内阁又加授李耀汉为陆军上将衔，莫擎宇升任为陆军中将。
李耀汉、莫擎宇和李福林都是广东地方派军人。原任广惠镇守使莫荣新是桂系大将，这是段在利用广东地方派来反对桂系。
冯国璋把罢免陆荣廷的命令留中不发，使段祺瑞大为不满。
他退了一步，再度拟好了三道命令送给冯。一是调陆荣廷为宁威上将军，着即迅速来京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责成新任广东督军李耀汉严令桂军开回广西。
段一方面催促冯盖印，一方面派人到处散播要政变和驱逐总统的谣言。
十一月六日，这三道命令在冯国璋面前放了好半天后，他终究还是盖了章送交印铸局发表。身边的人从没见他脸色这样的难看，一时间没有人敢和他说话。
此时此刻，冯才深切体会到，黎元洪当这个有其名而无其实总统有多窝心。他有些后悔入京当这个空头总统，气得晚饭都没有吃。到了半夜，实在不甘心，又派人到印铸局把三道命令追了回来。
段祺瑞第二天未见到总统命令发表，一问印铸局，才知被总统追回，大为光火。便于上午亲入公府见总统。他见到冯后，一点不留面子，声色俱厉地责问冯，为什么讲好发表的三道命令又要变卦，一个总统怎能这样的出尔反尔？
冯面对着这位气势汹汹的总理，无言以对，只好答应第二天发表。待段走后，冯又把命令交到印铸局。
桂系本以为有直系为后盾，便不把孙中山和国民党放在眼中。见到了冯国璋发布的处置陆荣廷等命令后，才知道直系这个同盟者是不可靠的。形势逼人，桂系只能回过头与孙中山和国民党合作。
在傅良佐带北军入湘时，北京政府就同时指令闽、赣、浙省军队和琼州龙济光部，对粤“同时并举，协力进攻”，以策应湘省作战。
其攻粤部署是：龙军直取钦（州）、廉（州）、高（州）、雷（州）地区，东图广州，并切断粤桂通路；福建派两混成旅沿汀江入粤，进占嘉应州（治今梅州市）、惠州（治今惠州市）地区，西攻广州，江西派一混成旅逾大庾岭，入韶州（治今韶关市）地区，南攻广州，形成三面夹击之势。
十月二十三日，被北洋系收买的广东潮梅镇守使莫擎宇，宣告潮梅镇“对省独立”。与广东省政府脱离关系，直接听命于北京政府，并立即派兵攻打惠州。
莫擎宇发难兴兵，为北洋政府大举图粤制造了契机。
十月二十四日，闽督李厚基在段政府授意下通电支持莫擎宇，并令汀漳镇守使兼北洋第十四混成旅旅长臧致平率兵十营进援。