也有人认为，这是袁世凯的长子袁克定，背着袁世凯，打着袁世凯的旗号，串通曹锟所为。
持这种观点的人，主要理由是蔡元培来北京后，耳闻目睹了很多情况后，经过他们的从中斡旋，南京方面已经不再坚持，一定要把临时首都放在南京了。
已经让步到，袁世凯只要去一次南京，在参议院宣誓就职就可以了。去南京一次，不是再容易不过的事，袁世凯没有必要搞什么兵变。
他们的另一个理由是，袁世凯不至于那样的道德败坏、丧心病狂。
无论是袁世凯还是袁克定，或是别的人的自作聪明帮自己的主子，这次兵变有人事先策划的可能性极大。但是，事情搞得这么大，造成如此大的破坏，肯定不是任何人想要的。
这很正常，很多运动和事变，一旦启动了，就不是策动者所能够掌控的了。比如，上个世纪六十年代开始的那场十年浩劫；所谓事与愿违。
当然，也有另一种说法，是单纯的士兵因长期欠饷而闹事，打着阻止袁世凯南下的幌子。不管这是不是袁世凯一手策划，他不去南京就职的目的是达成了。
三月一日，兵变又抢了北京西城，通州、保定，天津等地也发生了类似的事情。应了那句话，兵匪一家。
英、俄、德、日等国随即采取行动，首先派驻京的部队在通衢的大道上巡逻，又借口保护使馆，把外地的部队调入京城。完全证实了袁世凯的那句话“内讧外患，递引互牵，若因凯一走，一切变端立见”。
北洋军的大小头目纷纷通电，临时政府必须留在北京，袁大总统不能离开北京，向接袁世凯的南下专使示威。
梁士诒反复对蔡元培等人说“现在全国倡行革命，人心动荡，北方的秩序很难维持。像目前的这种情形，如果不能及时的调度弹压，确保地方安谧，就很容易引起外国对我国用兵的祸事，这一点是切实需要注意的。”
蔡元培眼见这一切，思想与来时本就有了很大的变化。加之汪精卫从中大力渲染，更使他认定袁世凯离开北京，北方肯定出大乱子。
就给南京参议院发电“北京兵变，外人极为激昂，日本已派多人入京。设使再有此等事变发生，外人自由行动恐不可免。培等睹此情况，集议以为速建统一政府，为今日最要问题，余尽可迁就，以定大局。”以专使身份，要求参议院在袁世凯南下之事让步。
袁世凯也在兵变后致电孙中山，请他通融。南方临时政府信以为真，以为北京的局势不知有多糟，黄兴竟提出要带兵北上，帮袁世凯弹压兵变，并保护袁世凯。
袁世凯真怕黄兴率兵北上，急忙回电“顷此事变，该兵匪等事后尽数溃走，绝无政治上意见。鄙人连日严饬军警弹压面，抚恤被害商民，现人心已定，秩序渐次恢复。……毋庸远劳军旅，请停止出发。”
袁世凯还因此而通告全国“专使到时，决意南下，组织联合政府，统一南北，用慰国民之厚望。今遇此变，实行维艰，公等幸谅。且驻京外交图案及吾国驻外各代表等，均云方今欲巩固民国，保全共和，舍速建设统一政府，别无他法。想全国心理，均表同情，因兹事变，南行无期，组织政府，势必从缓，凯实焦灼万状。”
紧接着，北京商民强烈要求，坚决反对迁都南京。有人到欢迎代表处请愿，他们是真怕了这当兵没人管束，更加帮了袁世凯的大忙。