赤眉军攻陷长安后，最为离奇的是，竟然是让刘玄成了漏网之鱼。要知道，之前赤眉军可是做了充分的动员，活捉刘玄者，封侯拜将、赏赐千金。并且在赤眉大军中，还布置了一批专门人员，来对付刘玄。
可以说，这次为捉拿刘玄，赤眉军可谓是布下了天罗地网，刘玄俨然是一个乳臭未干的黄毛小子，何以能够逃脱呢？
经过多次明察暗访，赤眉军最终知道，刘玄竟然在大军到来之时，就开始从北方逃脱。进入了右扶风都尉严本的地盘，躲进了高陵城。于是，樊崇大军很快就到了高陵城下，刘玄被逼无奈之下，心知大势已去，只能开城乞降，刘玄肉袒跪在长安城长乐宫台阶下，将天子玺绶奉献给赤眉皇帝刘盆子。樊崇亦依照约定，没有诛杀刘玄，而将其封为长沙王。
就在此时，赤眉军中对于樊崇等人肆意荼毒天下心怀不满，于是他们决定找到刘玄，重新拥立他为皇帝。张卬等人亦觉察到军中似乎有不稳的动向，只能向刘玄依附着的谢禄说道，若刘玄被人劫走，必定惹出祸端，不如索性抓住时机将刘玄斩杀。此时刘玄的身边，只有一个刘恭尚且算是忠心于他，谢禄闻张卬言，深觉有理。为了防止刘恭坏事，谢禄便借故把刘恭支走，然后派人命令刘玄到长安郊外去遛马。刘玄一直以为谢禄可以依附，哪里会有所防范呢。于是便欣然出了长安城，到了郊外，谢禄委派的几个跟随刘玄的士兵，便趁刘玄不备，掏出绳索将刘玄就地勒死。
东边的洛阳兵马，早就不归刘玄管辖。自此，更始政权无论是在实际上还是在名义上，都已经彻底败亡。刘玄被杀的消息很快就传到刘秀耳中，刘秀当即派人传诏西征军主将邓禹，务必获取其尸体，在邓禹的努力下，汉军最终将其尸体寻回，并将其安葬在霸陵。刘玄的妻妾和三个儿子刘歆、刘求、刘鲤都得以保全性命于乱世。刘秀安抚了他们，以彰显自己的仁义宽厚。
自刘玄一死，长安的赤眉军便没有了任何顾忌，在城中肆意妄为。建武元年（公元25年）十月，傀儡皇帝刘盆子在长乐宫大宴赤眉诸将。诸位将领本就各分派系，为了夸耀自己的功劳，不惜大呼小叫，刹那间，宫城之内乱作一团。而在长安皇城之外，平民百姓则更是过上了猪狗不如的生活，流民军四处烧杀抢掠、无恶不作，长安十里之地，是曾经无数人心向往之的所在，如今俨然一副人间地狱的景象。不久，朝堂之上，赤眉军各路将领公然争吵不休。韂尉诸葛耭在樊崇的授意下，率领甲士上殿，直接杀死百余人。神圣之地，霎时成了修罗场，尸横遍地、血流不止。而曾经刘玄在位之时，留下的千余名宫女，也因为没有粮食可吃而一一饿死。
此时的长安城，只有杨音和刘盆子的兄弟刘恭尚且算得有一些理智。杨音屡次劝解，都没有什么效果。而刘恭为了谋求一条生路，向刘盆子进言，逊位让贤，逃出长安。只可惜，樊崇等人好不容易找到这样一个傀儡皇帝，无论如何是不可能放弃他的。刘恭也因此而差点被樊崇等人杀害，此事只能就此作罢。
而此时的邓禹，则一直犹豫不决。邓禹已经进入左冯翊境内，在拿下了夏阳等地后便一直迁延不进。当此之时，刘秀早已几乎平定了北方流民军，挥师南下，围攻洛阳，自然对于邓禹的战事，只能敦促而不能亲自指挥。刘秀不明白，何以邓禹会如此作为？
其实，邓禹是有自己的考虑的，他认为，如今虽然西征的汉军人数众多，达到十几万之众，数量上与赤眉军相差不大。然而，由于精锐部队只有两万，剩下的都不过是新近招募的散兵游勇，因而能够上阵打仗的人很少。此外，汉军劳师远征，距离大后方河北相去甚远，没有可靠的物资补给线；而前面也没有可以作为依靠的根据地，缺乏足够的粮食。赤眉军刚刚攻陷了长安，获取了无数辎重和粮草，兵精粮足，气势正盛，其锋正锐，实在不可以正面抵挡。只要等到他们消耗完了士气和粮食，就定然守不住长安。到时汉军就可以兵不血刃夺下长安。眼下，上郡、北地、安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，汉军应该北上，整军待命，以观时变。
邓禹的这番考虑，看似没有什么疏漏，实则是只知其一，不知其二。他只知道自己的队伍需要补给线，却不知道，此刻赤眉军数十万大军亦是如土匪一般，四处抢掠。长安民众特别是其中的豪强地主，都真心地希望邓禹大军可以入主长安，赶走赤眉军。如果此番不趁着天下归心的时机收复长安，即使将来如邓禹所说，长安兵不血刃就可以归附到自己的手中，不仅难以获取民心，亦难以挽回长安的财物粮草损失，更会让赤眉军四处流窜，为天下带来更大的困扰。
刘秀到底是技高一筹，他早就看到了攻取长安的必要性和紧迫性，因而多次派遣使者前去敦促邓禹出战。哪知邓禹竟然“将在外，君命有所不受”。刘秀远在洛阳，鞭长莫及，只能眼睁睁地看着邓禹一再失去良好的战机。
建武二年（公元26年）正月，长安城的赤眉军再也无粮食可以抢掠，而那些豪强贵族们，要么私藏粮食，要么举家搬迁，赤眉军只能放弃长安。然而，长安虽然变得一贫如洗，其间的琼楼玉宇却没有多少损坏，为了不给邓禹等人留下任何财物，临出城之前，樊崇下令纵火焚烧长安城，将长安城里的皇宫殿宇全部焚毁。可怜昔日繁华富庶的长安城，如今皆化作一片火海，成就满目的败墙和瓦砾。
其实，早在数月之前，刘秀就获取了洛阳。相比于邓禹而言，刘秀在很多方面都是邓禹不能企及的，特别是刘秀在登基称帝之后，其全局性的战略眼光就逐渐显露出来。定都洛阳，亦成为他精明过人的体现，他从王莽和更始帝的下场中得到教训，认为在内战时期应避开长安。此外，定都洛阳，更有他的政治军事上的全局考量，洛阳可以更方便地从大平原的关键经济区得到供应。在以后几年，刘秀稳步而有信心地把他的领地向四面八方扩大。
当面对天下另一个数一数二的重镇，前朝都城长安之时，刘秀却没有丝毫办法，他不可能兵分两头。那边有他最为亲信的邓禹在负责，只可惜邓禹在攻打长安赤眉之时，犯了糊涂，坐失良机。
终于，邓禹所谓的机会来了，可等他到达长安，才发现其实自己一无所得，就连前朝皇帝皇后的陵寝，都遭到赤眉军的无情挖掘。他甚至听闻，赤眉军将吕太后的尸体挖出，众人见其依旧光彩照人，遂兽性大发，对其非礼。邓禹当即大怒，后悔不已，而军中士气也跌落到出战以来的最低谷，为了鼓舞日益低落的士气，邓禹将汉军驻扎在汉武帝时为了演练水军而修建的昆明池边，同时设宴慰劳全军将士。不久，邓禹又选择良辰吉日，按照礼仪到汉高祖的寝庙前祭奠，对赤眉军挖掘过的诸陵进行了清理，将死人尸骨重新入殓安葬。并且将散乱在各处的西汉诸位皇帝的神主牌位收集起来，派人护送到洛阳。此外，邓禹还设置了守陵官数名，派兵防守，防止再次遭到盗窃和挖掘。最后，他还将更始帝刘玄的尸体改葬于霸陵。
邓禹完成了收复长安的重任，但却没有达到刘秀的预期效果。
其实，在赤眉军逃离长安之后，天下已经初定，但是刘秀依然不能就此放松，他需要面对的，还有边陲之地的诸多分裂势力。自更始政权败亡之后，函谷关以西，邓禹的西征军、樊崇的赤眉军、隗嚣的陇西军、刘玄的更始军残部、公孙述的巴蜀军、窦融的河西军，便以长安三辅为中心，展开了一轮又一轮的血战。特别是公孙述、隗嚣、窦融三人，要么控制着河西之地，要么坐拥川蜀富庶之地，当年高祖斩白蛇起义，就是从川蜀发迹，一步步鲸吞天下。因此在地理位置上看，公孙述、隗嚣、窦融三人都具备问鼎天下的实力。