洪承畴不大瞧得上林丹汗，在他看来，林丹汗很有些志大才疏。此人有成吉思汗的野心，却没有成吉思汗的智力。在统一蒙古各部的过程中，他实力不足却又一味迷信武力，大大得罪了贵族和僧侣们。既侵害各部贝勒台吉的利益，又没有把他们打趴下的本事，自己还没有个领袖的样子，沉湎酒色。这样的人败给皇太极，再正常不过了。
不过，林丹汗的遗产还是很有价值的，他的福晋、妹妹、儿子各有一部分部众，在察哈尔人中有不小的号召力。他的手上还有元朝的传国玉玺，甭管真的假的，反正有这么个东西总归有点用。
所以，洪承畴派出了一些探子，努力寻找林丹汗余部的下落，可还是全无着落。林丹汗的部族越过贺兰山之后，便像凭空消失一样失踪了。
意外的是，洪承畴居然在塞外发现了一座城池。
从甘肃镇出发的探子沿着黑河向北搜索，由镇夷所出塞，深入大漠五百余里，最终，在黑河东支下游，他们找到了一座有城墙、塔楼保护的城市。
起初他们发现的是一片废墟，这里是元代黑城的旧址。洪武五年，黑城被明军攻下，至宣德五年，由于孤悬塞外，难以据守，明军放弃此地。之后，这里沉寂了二百年，只有少量的蒙古牧人活动。
但是紧接着，化装成商人的明军探子发现，在这片废城西北边四十里外，黑河两岸居然有零星的农田。越过一片胡杨林，就出现了城郭。
这座城池规模不大，为长方形，东西长两百余丈，南北长一百五十余丈，主要材料是夯土，塔楼使用木料，基本上没有砖石。城中有居民数千，有官署、兵营、商铺、工坊。城内汉人居多，蒙古人次之，还有少量回人。当地居民称此城为“黑水城”，说这里由一位来自“贺兰部”的“纳敏夫台吉”统治。
沙漠中常见的蒙古马匪不见了，这座城市很欢迎商人，而且有主管官员接待。明军的探子们被迎入城内，以一个很优惠的价格卖掉了他们的货物。本地的货币不足，用牲畜冲抵。盐巴、粮食、铁器这三种商品免税，布匹、茶砖这些东西会抽税，不过抽得也不多。
洪承畴对蒙古的贵族们也算了解，他可从来没听说过有什么“贺兰部”“纳敏夫台吉”，甚至怀疑这是不是蒙古人的名字。而且此人居然悄无声息地修建起了城池，而不像一般的蒙古贵族那样除了游牧就是剽掠，显然绝非一般的小角色。
细查之下，洪承畴又发现了两处定居点，其中一处位于贺兰山西麓，汉人称之为“富城”，蒙古人称之为“巴彦浩特”，距离宁夏卫竟然只有一百多里，而且林丹汗就是在这附近失踪的。另一处则在甘肃镇山丹卫东北方一百多里外，汉人称之为“上井子”，蒙古人称之为“额肯呼都格”。这两个定居点都有上千人口，也是汉、蒙、回杂居，有简易的土墙、栅栏防护。
别看这两个小寨子不大，却是十分热闹的商业中心，每次开集，都有大量人口聚集，明朝的边军将领们不断从这里将各种违禁物资卖给蒙古人，蒙古人也从这里向塞内出售畜牧产品，连洪承畴围剿流寇用的战马都有一部分是从这两个地方走私来的。
如果洪承畴出兵扫荡，可以很轻易地将这两个小城从地图上抹掉，但是他不会这么做。本来军饷发得就少，还要禁走私，那还让不让边军活了？陕西边军上自高官，下到士兵，都或多或少地参与着和蒙古人的走私，洪承畴要是把这个桌子给掀了，他这个三边总督也坐不安稳。
而且洪承畴发现，贺兰山以西的长城已经平静了很久。由于皇太极和林丹汗的战争，河套地区秩序崩坏，大量蒙古游骑侵扰明朝边境。但是，这些侵扰几乎都发生在贺兰山以东，进犯宁夏卫、宁夏后卫和榆林卫，而在贺兰山以西的宁夏中卫、靖虏卫、甘州中护卫以及河西各卫，却没有发生这种情况。偶尔也有三五成群的蒙古匪徒来抢劫或者投降，但大规模的入侵却从未发生。
根据探子带回的情报，这位“纳敏夫台吉”现在并不在黑水城，而是带着他的部队去争夺林丹汗和朝克图台吉的遗产去了。原本在贺兰山以西横行的蒙古马匪，也是被他剿灭或收编的。
当年达延汗将自己的部众为六部，左翼三部为察哈尔、喀尔喀、兀良哈，右翼三部为永谢布、鄂尔多斯、土默特。兀良哈部在达延汗死后便式微，喀尔喀部盘踞漠北，林丹汗统率的察哈尔部被皇太极打败之后西迁河套，攻打右翼三部。吞并永谢布部，又打败了统领土默特、鄂尔多斯两部的济农（副汗）博硕克图。博硕克图不久去世，他的两个儿子土默特台吉俄木布、鄂尔多斯台吉额璘臣敌不过林丹汗，便向皇太极投降。
皇太极并没有能力在河套地区建立直接统治，所以还是把这里交给了臣服于后金的蒙古王公们。俄木布、额璘臣二人刚刚接位，连自己的家族都没能完全整合，察哈尔部和永谢布部的残部更是四分五裂，乱作一团。