明间的抵抗使得，台湾不得不在一些重要的城市布置一定的兵力，不然，台湾军队前脚一走，后脚安南人的军事组织便占领了这个城市。
为此，在反复的拉锯了一个多月，损失了六百多人之后，萧明乾命令野战师暂停出击，巩固防守已占区域，静待增援。并且在防守期间，配合派到安南的军政府官员对这些地区进行清理和土地重新分配。
另外组织那些在这种手段中得到好处的安南人，协防各地。并且在南洋司的帮助下反复的清理这些区域的反抗组织。
在三月底，萧明乾在从安南运出多达十六万越南人的情况下，将台湾岛最后的三十万还没有安置的移民全部陆续的运送到了安南，并且集中布置在一些比较重要的区域。
有了这三十万携带着武器的移民，台湾在安南的形势猛然间变好了。并且在派遣两个师的守备部队增援安南后，将那三个师彻底的解放出来，开始了新一轮的进攻。
在其后的两个月里，基本上清理了整个安南北方的反抗力量。当然，民间的抵抗知道十年后都一直没有停，不过在台湾对安南的统治力度逐渐加大，安南普通百姓对台湾的统治越来越认可的情况之下，这些抵抗的规模约来越小，越来越无力。
平定安南北部，花了台湾近四个月的时间，这期间动用陆军八万，海军战舰十二艘，各类运输船八百多艘。期间，在安南借助地利而进行的各种各样的偷袭下，台湾战死一千六百多人。而歼灭的安南军队和各类反抗人员接近三十万，使得安南北部的抵抗力量为之一空。
北部的快速陷落，使得占据南方顺化的阮氏彻底的慌了神。本来看到台湾在三月的时候停了大规模的军事行动而想要乘机出兵北方占领北方领土。但是当他们仅仅占据了三四个小城之后，台湾的第二轮军事行动便如同疾风骤雨一般再次展开了。而这一次，台湾同南方也有了少数的几场接战。
就是这少数的几场接战，使得阮氏知道了台湾的厉害。现在台湾已经彻底的完成了对北方的占领，阮氏心中是惶恐不已。但是又不舍得放弃经营了百多年的基业，所以没有理会部分手下的投降建议，拼着大部分家当，拿出了绝大多数的军队，在河静地区给台湾布置了一个陷阱，想要乘着雨天，给台湾一次大的损失。
但是，他们打错了算盘。当天的确下了了场大雨，而台湾的一个师的军队也的确进入了他们的陷阱。但是他们却没有想到，台湾的火枪再雨天里照样激发。十五万大军，最终战死四万多，被俘近五万，只剩不到下六万逃了回去，并且一直逃到了同海彻底的退出了之前占领的地盘。而他们给台湾造成的损失则只有六百多人战死，不到一千人受伤。
不过这也给台湾的众军事将领一个教训，领军作战一定要小心，小心，再小心这次的陷阱是在越南人不知道台湾的火枪的特性的情况下知道的，如果将来的敌人知道了这个情况，采取水攻什么的奇计，那乐子可就大了。
不过，其后南部的安南军队彻底的失去了同台湾军队作战的勇气。当台湾军队挺进同海的时候，他们连反抗都几乎没有便逃到了东河地区。而在台湾军队距离东河还有二十多里的时候，他们又全部逃到了顺化。
整个南下过程自从那一次的雨天大战之后，便变得异常的顺利，除了民间的零星抵抗给台湾造成了一些麻烦之外，根本没有发生一场上规模的战斗。
为了快速的结束安南的战争，萧明乾命令驻扎在迪石的海军舰队立即北上，攻击顺化和西贡，敦促阮氏投降。
在北部有陆军进逼，南部有台湾海军狂轰滥炸的情况下，阮氏只能在取得台湾承诺他们可以在安南之外拥有一份不小的产业的情况之下，于九月中旬率众投降了。
阮氏这一投降，也就意味着安南的战局基本结束，后面的事情基本上就是军政府的事情了。当然，因为民间的抵抗依然非常的频繁，而且还发生过陆军的枪支被偷强的事件，所以八万陆军依然要在安南驻防一段时间，为军政府的后续行动保驾。
其后半年的时间内，军政府彻底的打乱了安南原有的行政区域的划分。将安南划分成三个省，分别是河内省，顺化省和西贡省。并且在这些地方，实行了台湾已经成熟了的土地国有，私人只有使用权的政策。而且相对温和的种族政策和对反抗的残酷镇压使得安南的局势取得了相当的稳定。