三、幼帝生活
隆庆六年（1572）五月二十二日，宫中传出穆宗病危的消息。三天之后，即二十五日，内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫中。高拱等人进入寝宫东偏室，见穆宗坐在御榻上，榻边帘后坐着皇后、皇贵妃，10岁的太子朱翊钧就立在御榻的右边。穆宗抓住高拱的手，临危托孤：“以天下累先生”，“事与冯保商榷而行。”接着，司礼监太监冯保宣读给太子朱翊钧的遗诏： “遗诏与皇太子。朕不豫，皇帝你做。一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，无事荒怠，保守帝业。”
三辅臣即高拱、张居正、高仪三人。司礼监的地位也很重要，司礼监秉笔太监兼提督东厂冯保其实也在顾命之列。
三位大学士受托之后，长号而出。第二天，隆庆皇帝即崩于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，改元万历。是为明神宗。
按照穆宗的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的；在宫中，小皇帝自然还得依靠冯保。但是，冯保与高拱的关系非常恶劣。此前，司礼监几次掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟冲，就是不愿让冯保做掌印太监。冯保此人知书达礼，又喜爱琴棋书画，很有涵养，所以很受穆宗的喜爱。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，轻松地通过一道遗诏，就驱走了孟冲，自己做了掌印太监。但是，就高拱来说，对冯保自然是必欲除之而后快。在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。 由此，一场政治斗争势必不免。
斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的。但是，实际上，张居正与冯保关系非常密切，早就预谋赶走高拱了。
隆庆六年六月十六日，冯保就利用高拱曾经说过的“十岁太子如何治天下”一语把自视甚高、性格粗直的高拱赶离京城。高拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡。三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人，担当辅弼小皇帝的重任。
从此以后，万历朝的前10年，小皇帝的生活基本上是受三个人的规范：一个是自己的母亲慈圣李太后，一个是司礼监掌印太监冯保，一个是内阁大学士张居正。
神宗需要侍奉两位母亲。一位是嫡母仁圣皇太后，即原来穆宗的皇后陈氏；一位是生母慈圣皇太后李氏。仁圣皇太后体弱多病，不能生育，却很疼爱小皇帝。据说，小皇帝还是太子的时候，经常去皇后那里玩。陈氏每次听见太子跑的鞋声，就非常高兴。所以，神宗虽然尊崇自己的生母李氏，即改变过去皇帝生母只称“徽号加太后”的惯例，为李氏加“皇”字，称“慈圣皇太后”，但是，对于嫡母仁圣皇太后始终非常尊敬，一视同仁，备极孝心。当时人称神宗之孝顺，乃“古今帝王之孝所稀有也”。比起他的祖父世宗以宫廷逼仄的理由勒令孝宗张皇后迁居于宫城幽僻之地来，神宗显然是有情有义得多。
不过，小皇帝的监护人主要还是生母慈圣皇太后。慈圣皇太后生性淳朴善良。例如，她虽然母以子贵，但是对于仁圣皇太后却非常恭敬。万历九年（1581）她为女儿寿阳公主选驸马的时候，面对侯拱宸等三位候选人，唯独选择了衣冠朴素、战战兢兢的侯拱宸，还说：“此子浑朴不雕，真我家儿也。”
对于儿子，慈圣太后也一心想让他成为一个有为之君。据说，太后“教帝颇严”。每次万历小皇帝不读书，李太后就命令皇帝跪在地上。要上朝的一天，五更时分太后就到皇帝睡觉的地方，叫他起来，命太监们把小皇帝扶起来，为他洗脸，催他上驾。
有一次，小皇帝在宫中喝多了一点酒，命内侍唱歌。内侍回答说不会唱。小皇帝大怒，说内侍竟敢抗旨，拿起剑就刺 ，在左右的劝解下，小皇帝玩耍般地割了两个内侍的头发，算是将他们“斩首”了。这件事传到了慈圣皇太后的耳朵里。太后非常生气，命小皇帝在地上跪了很久，历数他的过错。小皇帝吓得涕泗横流，请求让他改正错误。这事才算了结。
还有一次，皇帝在太监孙海、客用的引导下喝了酒，受二人的引诱将冯保的两名养子打伤，又骑马直奔冯保的住所。冯保被吓得只能抱起巨石撑住大门。第二天，冯保将此事禀告太后。慈圣皇太后立即换上青布衣服，不带首饰，命召阁、部大臣，要谒告太庙，将万历小皇帝废了。小皇帝吓坏了，赶紧前去请罪。太后说：“天下大器难道就是您可以继承的么？”意思是要改立神宗的弟弟潞王。神宗跪在地上哭了多时，皇太后才肯宽恕。
慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法。所以，神宗很小的时候书法就极为工整。冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”、“大伴”。万历小皇帝对于冯保非常畏惧。每次万历小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐，说：“大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行 一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，他与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万历初年的新政才能顺利地推行。
张居正对于小皇帝是无比忠心，有时忠心得有点肉麻。例如，张居正有一次在奏疏中对皇帝说：“今伏荷皇上天语谆谆，恩若父子。”40岁的张居正将10岁的皇帝比作父亲，倒也有趣。但是，实际上张居正对于小皇帝的辅导和关怀，也是无微不至的。他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说。
有一次，小皇帝想搞一次元宵灯火，张居正就说：“将灯挂一些在殿上，就可以尽兴了。不需要再搞什么灯棚。接下来的几年还要有许多大事，例如皇上的大婚、潞王的出阁，每件事都要花很多钱，天下民力有限，还是节省一点好。”小皇帝倒也知趣，说：“朕极知民穷，按先生的话办吧。”小皇帝对于张居正，也是非常的尊敬，从来不称名道姓，而是称“先生”，所下的诏令，凡提及张居正时，都写“元辅”。
万历二年（1574）五月八日，皇帝在讲读完毕之后，听说张居正腹痛，就亲手调制了一碗辣面，并要次辅吕调阳陪着张居正一块吃，其意图是要以辣热攻治腹痛。小皇帝对于张居正也充满人情味。他听说张居正的父母都还健在，非常高兴，赐给两位老人很多的东西。