大明天启六年，普天大旱，陕西、山西以及蒙古等地连续八月滴雨未下，陕西山西两地土地龟裂，河流断流，作物颗粒无收，百姓流离失所，各地饥饿难耐的百姓纷纷上山落草，一时间山西陕西两地是赤地千里，饿莩满地！
要是这个情况在朱由校登基以前，这里毫无疑问的又要爆发一场伤及大明国本的暴乱，但是如今朝廷国库充实，粮草准备充分，早在大明西北发生干旱之前，朱由校就开始从粮食富余的江南、倭国还有东南亚海上贸易收集粮食，然后利用由大明物资商号往西北囤积粮草，然后派出大量的赈灾观察使负责赈灾事宜，然后又从京师和辽东调集兵员加强陕西和陕西两地的防御，几种方法下来，总算勉强控制住了陕西和山西两地的局势。
和山西和陕西两地情况类似，蒙古草原也经历着一场罕见的大干旱，草原上的大部分牧草旱死，就是没有旱死也是根本不够蒙古部落大量的牲畜食用，粮食的缺乏和水源的干涸使得牛羊马匹也随之大量死亡，在整个蒙古草原上，除了一些占有水草十分丰盛的牧场的大部落还能够勉强维持生计之外，其他小部落纷纷迁徙，到处寻找新的水源和牧草，可是蒙古人在蒙古草原上多年的生存，新的牧地那是这般容易寻得的，而在和蒙古草原相距不远的大明土地上，同样干旱的大明百姓却是活的有滋有味，怎么也让蒙古的那些游牧民族觉得不爽！
在以前，手无寸铁的大明百姓在饿着肚皮的情况下，还敢起来反抗巨大无比的国家机器，如今，全民皆兵的蒙古部落在肚皮和强大的大明面前，显然会选择肚皮！先是和大明接壤的一些蒙古部落向明朝九边的守将借用粮草，可是朱由校的仁义却只是对一部分蒙古部落有用，这些部落靠近大明边境，在长达几年，甚至几十年的茶马市交易和日常商贸中和大明建立了十分不错的关系，而对于接连轰涌而至的蒙古部落，朱由校显然不会翻上农夫与蛇的错误，蒙古人绝对不是一点点粮食就能喂饱的，再说这粮草养活那十几个蒙古部落还行，但是要养活一百多万受灾的蒙古牧民，那是这般简单的！
再索取不到的情况下，总有人要铤而走险，在大明天启六年六月的时候，以前零星的蒙古入境掠夺活动终于有越演越烈的趋势，在整个大明九边防线上，所有的部队都进入了战备状况，除去九边上散布的十六个通州师，朱由校还从京师调集了三个通州师支援地方，不过对于来去如风的蒙古骑兵来说，由三十几万大明士兵守着的长达几千里的防线漏洞实在太多，蒙古人不断的利用明军的防线间隙进入大明境内烧杀抢掠，九边上接连不断的奏报让本想安心求发展的朱由校终于按捺不住自己的杀心了！
这就是朱由校第二次出巡时的状况，对于中国来说，西北永远是叛乱的根源，也是割据的好地方，朱由校深深明白如果不是自己的出现，在未来的日子里，也许有个叫李自成的人会从西北起家，然后将大明灭亡，因此朱由校绝对不允许蒙古人在自己的七寸上狂小戳小打！
在西北两个多月的巡查，使得朱由校认识到了和京师的繁华处于反面的贫困，而这贫困的原因就是历史上不断的征战，长期的征战将普通百姓掠夺的一无所有，而且将当地的基础设施破坏的一干二净，没了粮食作业所需的水利设施，百姓在天灾前面丝毫没有抵抗的能力，而破败的驿道和长期征战破坏的植被使得西北的经济始终无法恢复元气！
大明天启六年八月，正是秋高气爽的日子，西北的贫瘠土地上的那么些可怜的作物收割完毕，整个大明的军事武器又转动了起来，陆续向九边集中的大明部队给还在旱灾和饥饿中挣扎的蒙古林丹汗传递了一个非常危险的信号，也许蒙古部落不在老天面前屈服，却要屈服在一个农耕民族的手中！
经过了几年发展的明军部队和当初辽东征服后金的明军部队相比，其间的进步不是一点点，大明迅速发展的冶铁业使得原本昂贵无比的红夷大炮成为了军队的常规火炮，原本的车营阵经过几年来的演练已经有了许多新的战法，骑兵的大规模冲锋已经不是明朝火器部队的威胁，可以一次发射二十四枚火箭手雷的火箭车已经列装部队，而与此相反，原本就战力不及后金的蒙古部队如今还在原地踏步，征服蒙古对朱由校来说，似乎实在进行一场考校耐心和财力的战争，如何在莽莽草原上围剿来去如风的蒙古骑兵，如何稳固自己在蒙古的占领地位，如何保准进入草原之后的漫长补给线，如何将桀骜不逊、四处漂泊的蒙古牧民变成一个依草而居的牧场主？这些都是朱由校需要解决的问题。
不过朱由校并不指望蒙古的牧民能够一劳永逸的解决，就是如今在辽东属于少数民族的女真人也没有真正融入大明的统治中来，收复辽东已经有五年了，五年来，朱由校对辽东的和平演变，文化影响丝毫没有松懈过，但是这些对于那些智力成熟的成年人来说，是丝毫没有作用的，只有经过几代人的时间，女真人才会彻底的融入大明的文化圈！
大明天启六年九月，朱由校御驾亲征蒙古，调动大军三十五万，分成两路大军，一路为辽东攻势，由李之藻率领辽东十万大军出征，另一路为大同攻势，由朱由校率领九边和京营二十五万大军由山西大同出兵，两路大军进入蒙古境内之后，蒙古部落纷纷避开锋芒，或是整族搬迁而走，或是上表依附大明，而蒙古境内的几个大部落却是集结部落中所有男子，凑齐四十万士兵，准备与大明决一死战！
如果说明军当初和后金的战斗属于菜鸟火器部队和精锐骑兵的对决，只有一线的差距，还有胜负的悬念，而如今明军和蒙古的战斗便是火器部队和骑兵的对决，整整差了一个时代，怎么能够不形成一边倒的情形，再加上蒙古士兵粮草缺乏，士气低落，明军两路大军在经过几次狙击战中大胜之后，蒙古林丹汗便面临着调动不力的局面，一方面，蒙古部队不愿意明朝势力进入蒙古草原，夺去自己的地位，而另一方面，明军强大的武力又使得蒙古各个部落首领清楚认识到自己抵抗的脆弱性，更不愿意听从林丹汗的调动，去当明军的炮灰！
一方积极主动，一方四处流窜，胜负已无悬念，朱由校的部队不是移动缓慢的步兵，而是移动稍微逊于骑兵的车营部队，更何况车营部队中同样搭配着数量可观的骑兵，这些骑兵之中有着数量众多的后金骑兵，这些为了赎罪而在军中服役的后金骑兵在明军的炮火支援之下更是凶猛，加上明军在对后金的作战之中积累了大量的作战经验，对于骑兵来去如风的作战方法也甚是熟悉！
大明天启六年十一月，蒙古草原上正是天寒地冻之际，明朝二十万大军将蒙古林丹汗的二十五万大军堵截于林丹汗的主营地呼和浩特，发生激战，明军经过半月的围攻终于击溃林丹汗大军，蒙古二十五万强行征集的士兵顿时化为乌有，林丹汗阵亡，其母率领林丹汗所辖的察哈尔部落投降明朝，察哈尔部被征服，随着林丹汗的灭亡，其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部，亦尽皆归附，然后朱由校三十五万大军分成数路，四处征战漠南蒙古，大小蒙古部落纷纷归附，整个征服战役一直维持到大明天启七年六月才算完成，自此，漠南蒙古科尔沁、札赉特、杜尔伯特、巴林、札噜特、奈曼、喀尔喀、茂明窍、乌拉待、喀喇沁、乌珠穆沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部全部纳入明军势力范围，漠南蒙古为明朝所统一。
和艰苦的统一战争相比，蒙古土地的管理显然更让朱由校头痛，好在朝廷的理藩部已经有了女真工作的经验，在朱由校大军所到之处，便有大量的明军官吏接踵而至，进行各种安抚重建工作！一时间，各地虽然小叛乱接连不断，但是明朝的统治却是十分稳固，加上蒙古归入大明版图之后，原本规模受禁的茶马市和日常贸易已经全然取消，各个部落所在的驻地有大量明朝商人轰涌而至，原本十分缺少的生活物资突然出现，使得不管是蒙古的贵族还是平民的生活水平都大幅度提高，特别是明朝还给很多蒙古人提供移民服务，让一些蒙古人到明朝统治已经十分稳固的辽东地区居住，除了这些，朱由校还大量安排以前的蒙古部落首领担任没甚实权的各种虚职，而且明军在统一蒙古之后九边的军事压力大幅度减轻，兵力全部外移，在蒙古驻扎了十一个精锐通州师还有其他各种部队四万多人，总计十七万部队集中在蒙古。各种优惠条件和强力统治之下，蒙古已经失去了再分裂的能力，问题在于要多久才能完全同化与明朝的统治之下...
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