这时的蔡🝴元培曾为友人之父题照，写了“家祭毋忘”四字。也许，蔡🔞元培已经预感到自己不能看到抗战胜利的那一天了。&bsp&bsp
身处香港的蔡元培继续关心中🐝🀵央研究院的工作。这时的中央研究院，由于上海沦陷，随南京国民政府迁往中国西南🞹🙂各省份。
淞沪会战爆发时，蔡元培强撑病体，指🍺挥和组织上海三个研究所向内地搬迁。而各所所长多有不愿意去重庆的，蔡元培尊重大家的意见，除总办事处与气象🀿🂣所搬迁重庆外，其他💈🏹各所可以自定去处。
如此一来，昆明、桂林也🁆成为迁移的目标，事情也便多了起来。为此，蔡元培不得不操更多的心。即便在香港养病，蔡元培仍然🅨🉇🅋随时接收各处、所的行踪报告，时刻关注和指导着他们的安置情况。
种种问题接踵而来，千头万绪，需要梳理。
年月日，在蔡元培的召集下，关于“中研院”搬迁的一个重要会议在香港酒店举行☉♋。总干事朱家骅以及丁西林、🜆⛡竺可桢、李四光、傅斯年等各所所长都出席了。蔡元培主持会议，确定了战时院务的众多重大决定与生存发展策略，大家也统一了思想。
但是，“中研院”总干事一职的人选问题，一直让蔡元培伤脑筋。被蒋🙞介石任命为浙江🁓省政府主席的朱家骅曾多次要求辞掉总干事🂊🍈🆆一职，均被蔡元培拒绝。这次到香港，朱家骅又一次以将出任驻德大使为由，请蔡元培另聘他人。蔡元培虽仍不同意，但也不能不考虑新的人选了。
月里的一天，蔡元培邀请任鸿隽一起午餐。任鸿隽曾为四川大学首任校长，能力很强，蔡元培虽然心有🚉打算，但见他事务繁忙，感到时机还不成熟。
月，等朱家骅又提出辞职时，🐝🀵任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总干事。任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。在“中研院”搬迁安置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿🍁下来，并不间断地产生科研成果。
蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况📰🞣🖂易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条🚜件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和👫发展的🍁重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科📙🛍学事业的重要力量。🁓对♔此，蔡元培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好🁱🉡🈺的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡🉃🄧⛠元培的身体多在🃫病中，不得不🕁推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公开活动，🃫是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，🂿🔡🂆蔡元培精神大⚮🔯🄅振，在包括港督罗富国在内的众多来宾面前，即兴发表演讲